预缴税款和进项税额都属于购买方垫付的资金，在申报纳税时，都可以减少向机构地税务机关的纳税资金流出，但是二者在性质上不同，税务处理也不一样。全面推行增量留抵税额退税后，二者关系的处理，存在一定的空间。

1、一般计税方法下，建安企业的应纳税额=销项税额-进项税额，应补税额=应纳税额-预缴税款，预缴税款=项目总分包差÷（1+9%）×2%。

2、应纳税额代表建安企业欠全天下税务机关税金；应补税额代表建安企业欠机构地税务机关的税金；预缴税款代表异地施工给项目所在地分的一杯羹。

应纳税额与预缴税款没有任何关系，两者是相互独立的，共同影响应补税额。如，某公司应纳税额为10元，如果预缴税款为2元，则应在机构地补税8元，如果预缴税款为8元，则应在机构地补税2元，反正你要掏的钱就是10元。

3、从增值税申报表的逻辑可以看出，预缴税款可以抵减应纳税额的前提是应纳税额必须大于零，换言之，如果建安企业存在期末留抵，已预缴的税款是无法得到抵减的，只能等待应纳税额为正的时候，再按照已预缴税款和应纳税额孰小的原则，进行抵减。

例  上海何博建安公司，2019年6月销项税额100万元，进项税额80万元，已预缴税款18万元，则应补税额=（100-80）-18=2万元。

如果上例中上海何博建安公司6月销项税额80万元，进项税额100万元，则已预缴的税款18万元，一分都不能抵减。

4、这样，就出现了一种怪现象，一方面是建安企业存在较多的留抵税额，另一方面是，由于异地施工的总分包差为正，还得在项目地预缴税款。

在建安企业存在系统性留抵的情况下，预缴税款永远无法抵减，更不用说退税。

5、2016年营改增的时候，为了防止出现这种现象，财税〔2016〕36号文附件2第二条第（十一）款曾经做出制度安排：

一般纳税人跨省（自治区、直辖市或者计划单列市）提供建筑服务或者销售、出租取得的与机构所在地不在同一省（自治区、直辖市或者计划单列市）的不动产，在机构所在地申报纳税时，计算的应纳税额小于已预缴税额，且差额较大的，由国家税务总局通知建筑服务发生地或者不动产所在地省级税务机关，在一定时期内暂停预缴增值税。

这一条规定，基本上没有实操性，我不做任何评论，何博士想呼吁的是，随着建安企业留抵越来越多，政策制定者应当对这一条规定******更详细可操作的专门文件。

6、全面推行留抵税额退税之后，符合条件的建安企业应当采取「先抵减预缴税款，再申报进项税额」的操作策略，以时间换效益，以预缴税款换留抵税额，留抵税额申请退税。

为了说明这个过程，举一个例子，上海何博建安公司2019年3月期末留抵税额1万元，已预缴未抵减税款800万元。

2019年4月，销项税额1000万元，取得专票票载进项税额1011万元，新增预缴税款200万元。

如果在4月当期勾选认证1011万元进项税额，则出现11万元留抵税额，累计已预缴税款1000万元（800+200），只能在附表四待着，不会给退。

建议：4月对这1011万元进项税额选择不勾选认证，即当期进项税额为零，则该公司应纳税额=1000-1=999万元，累计已预缴税款通过主表第28行抵减999万元，当期应补税额为零。

这1011万元的进项税额在5月之后勾选申报，就可以形成留抵税额，再去申请退税。

需要注意：按照这一策略，会出现某一个月的增量留抵税额小于零，该月不符合条件，往后延一个月就是了，比如5-10月。